《疯狂动物城2》故事发生在第一集两年后。兔朱迪与狐尼克已成为警察局黄金搭档，却因办案风格差异被上司博戈强制送进“危机搭档”心理治疗班。此时，城市迎来首条蛇居民——眼镜王蛇盖瑞·德·斯内克（Gary De’Snake），他在百年庆典上偷走林克斯家族创始日记，引发对爬行动物的恐慌。

调查过程中，朱迪与尼克发现：

– 盖瑞并非单纯盗贼，而是想揭露林克斯家族百年前的黑历史：蛇族等爬行动物被逐出动物城、专利被窃的真相

– 两人因此被林克斯家族诬陷为共犯，瞬间从警察变成通缉犯

为洗清罪名，他们与新角色：

– 阴谋播客海狸尼布尔斯

– 林克斯家族异类帕瓦特  

一起踏上横跨：

– 雨林

– 雪山

– 海洋区

的逃亡之旅，最终：

– 用创始日记证明蛇族清白

– 迫使市府设立“包容改造委员会”，让爬行动物重归城市

高潮大战：

– 在气候墙核心，朱迪与尼克联手阻止林克斯家炸毁系统

– 以“水幕+树根”化解危机，盖瑞将曾祖母名字刻回创始人墙